Historia szkoły datuje się prawdopodobnie od połowy XIV w. kiedy to w Bodzentynie zaczęto urządzać miejscową parafię, a przy niej również szkołę parafialną. Do końca XVIII w. do placówki uczęszczali wyłącznie chłopcy w wieku od 7 do 20 lat. Początkowo nauczano takich przedmiotów jak: katechizm, nauka czytania i pisania, matematyka oraz początki łaciny. Środki na utrzymanie szkoły pozyskiwano głównie ze składek rodziców oraz funduszy kościelnych. I połowa XIX w. przyniosła ogólny upadek szkolnictwa. Wówczas bodzentyńska szkoła także przeżywała kryzys. Zmiany na korzyść szkoły zaistniały dopiero po reformach Wielopolskiego, gdyż wprowadzono wtedy zasadę powszechnego, bezpłatnego i przymusowego nauczania. Do 1864 r. do szkoły elementarnej w Bodzentynie uczęszczały wyłącznie dzieci pochodzenia miejskiego. W tym czasie w bodzentyńskiej szkole istniały trzy oddziały: początkujący, postępujący i doskonalący, a program nauki realizowano zależnie od postępów dzieci w umiejętności czytania. W II połowie XIX w. datuje się początek tzw. szkoły początkowej (naczelnej) w Bodzentynie. Przybywa chętnych dzieci do nauki, ale trudne warunki lokalowe powodują, iż nie wszystkie mogą być przyjęte do szkoły. W latach 1908 - 1915 w Bodzentynie istniały niezależnie od siebie trzy szkoły, a w każdej z nich pracował jeden nauczyciel. Dopiero rok 1916 przyniósł reorganizację szkół polegającą na integracji tychże szkół w jedność i powstanie 4-klasowej "Szkoły Ludowej". Bardzo trudny dla szkoły w Bodzentynie był okres I wojny światowej. Wówczas budynek szkolny oraz wyposażenie szkoły zostały zniszczone przez pożar. Nauczyciele borykali się ze znalezieniem odpowiednich lokali do celów szkolnych, gdyż prawie cała osada była spalona. W 1919 r. szkoła w Bodzentynie została przemieniona na 7-klasową i posiadała 450 uczniów. Lata międzywojenne nie przyniosły istotnych zmian w organizacji szkoły, ale w tym czasie trwały próby rozbudowy placówki. Nauczyciele włączyli się także w działania społeczne i kulturalno - oświatowe. Sekcja kulturalno - oświatowa organizowała odczyty, pogadanki, przedstawienia oraz urządzała świetlicę. Od 1930 r. z inicjatywy nauczycieli działała w Bodzentynie Spółdzielnia Nauczycielska pod nazwą "Nasza Księgarnia" oraz filia Robotniczego Instytutu Oświaty i Kultury im. S. Żeromskiego. Po wybuchu II wojny światowej "pierwszy dzwonek" w bodzentyńskiej szkole zabrzmiał 02.10.1939 r. Obok jawnej szkoły powszechnej istniały również tzw. tajne komplety, na których nauczano przedmiotów zabronionych w szkole jawnej. Jednakże poziom szkoły powszechnej ciągle podupadał, gdyż brakowało odpowiednich podręczników, a lokale szkolne zajmowały oddziały niemieckie. Po wojnie z niezwykłym trudem przystąpiono w Bodzentynie do organizacji szkolnictwa. 1 marca 1945 r. kierownikiem szkoły został St. Plewiński. Zaczęli się także zgłaszać nauczyciele pracujący w okresie międzywojennym i w czasie okupacji. Początkowo brakowało sal, sprzętu i podręczników. Jednak w czasie wakacji wyremontowano dawny budynek szkolny przy Rynku Dolnym. Dzięki temu rok szkolny 1945/46 rozpoczęło 465 uczniów i 13 nauczycieli. Zaprowadzono najważniejsze akta szkolne, zabezpieczono resztki archiwum i zorganizowano bibliotekę szkolną. Pracę rozpoczęły także pierwsze organizacje uczniowskie: PCK i ZHP. Prekursorem w organizacji szkolnictwa na terenie Bodzentyna w czasie okupacji i po wyzwoleniu w 1945 r. był Antoni Waciński. To on, mając na uwadze rozbudowę kompleksu szkolnego przy Rynku Górnym, postarał się o wykupienie trzech pożydowskich placów. Na jednym z nich zbudowano dalszą część dwupiętrowego budynku dla szkoły podstawowej. W trosce o nową szkołę kontynuował budowę auli i sali gimnastycznej. W późniejszym okresie Szkoła Podstawowa w Bodzentynie mieściła się w trzech blisko siebie położonych budynkach, pomiędzy którymi znajdował się niewielki plac szkolny. Uczniowie i nauczyciele mieli do dyspozycji: 15 sal lekcyjnych, bibliotekę, niepełnowymiarową salę gimnastyczną, świetlicę. Szkoła posiadała również kuchnię oraz szatnię. Działały też organizacje uczniowskie (ZHP, Samorząd Uczniowski, Spółdzielnia Uczniowska, PCK, LOP, SKO, Towarzystwo Przyjaźni Polsko - Radzieckiej, Szkolne Koło Krajoznawczo - Turystyczne, Liga Ochrony Kraju) oraz odbywały się zajęcia dodatkowe (koła przedmiotowe, koła taneczne, muzyczne, teatralne, zajęcia sportowe, zajęcia korekcyjno - kompensacyjne). Uczniowie mieli także zapewnioną opiekę zdrowotną.
W listopadzie 2004 r. zostały podjęte działania zmierzające do nadania szkole imienia, które zakończyły się sukcesem i 8 czerwca 2005 r. szkoła otrzymała sztandar i imię Antoniego Wacińskiego. W czasie uroczystości nadania imienia i wręczenia sztandaru został wbudowany akt erekcyjny pod budowę nowej szkoły. Prace budowlane rozpoczęto jesienią 2005 r. Dzięki temu, że przebudowa szkoły przebiegała zgodnie z planem rok szkolny 2008/2009 rozpoczął się w nowym budynku szkolnym. Obecnie Szkoła Podstawowa im. Antoniego Wacińskiego jest największą i najnowocześniejszą szkołą podstawową na terenie gminy Bodzentyn. Wszystkie pomieszczenia szkolne wyposażono w nowe meble i nowoczesne pomoce dydaktyczne. W budynku szkoły znajduje się również Samorządowe Przedszkole, dla którego na dziedzińcu szkolnym wydzielono i urządzono pac zabaw dla dzieci przedszkolnych. Aktualnie szkoła jest również gospodarzem wielu imprez środowiskowych oraz ośrodkiem życia kulturalnego miasteczka.
Szkoła współpracuje z licznymi instytucjami oraz proponuje uczniom szeroki wachlarz zajęć pozalekcyjnych. Uczniowie mogą rozwijać swoje zainteresowania i zdolności w kołach: teatralnym, tanecznym, muzycznym, plastyczny, informatycznym i sportowym. Dodatkowo uczą się drugiego języka obcego - języka rosyjskiego, który mogą kontynuować w gimnazjum i liceum.
W szkole działają organizacje uczniowskie: Samorząd Uczniowski, LOP, PCK, SKO, Klub Wiewiórka, Koło Teatralne. Porad i wskazówek do pracy z dziećmi udziela pedagog szkolny. Szkoła zapewnia również pomoc medyczną w nowoczesnym gabinecie lekarskim. W styczniu 2009 r. uruchomiona została stołówka przygotowująca posiłki dla uczniów. Szkoła podpisała także umowę z firmą dostarczającą bezpłatnie mleko i owoce dla wszystkich uczniów. Dzieci mieszkające poza Bodzentynem są dowożone do szkoły pod opieką nauczycieli. Obecnie szkoła posiada pracownię komputerową oraz salę gimnastyczną z zapleczem sportowym. W czerwcu 2009 roku zostało urządzone boisko do piłki nożnej i siatkówki. Chętni uczniowie mogą też ćwiczyć swoje umiejętności w sali tenisa stołowego. Obok boisk sportowych urządzony jest plac zabaw i gier dla dzieci.
Szkoła dysponuje także bogatym księgozbiorem. Dla bezpieczeństwa uczniów został założony w otoczeniu szkoły monitoring wizyjny.
Uchwałą Nr VII/53/2015 Rady Miejskiej w Bodzentynie z dnia 29 czerwca 2015 roku, został utworzony Zespół Szkolno - Przedszkolny w Bodzentynie w skład którego wchodzą: Szkoła Podstawowa im Antoniego Wacińskiego w Bodzentynie oraz Samorządowe Przedszkole w Bodzentynie. Od 1 września 2015 roku dyrektorem Zespołu Szkolno - Przedszkolnego w Bodzentynie jest pani Bożena Pożoga, wicedyrektorem pani Edyta Bernatek.
W roku szkolnym 2015/2016 Grono Pedagogiczne liczy 28 nauczycieli oraz 10 pracowników administracji i obsługi. W 15 oddziałach uczy się 281 uczniów.
